La primera exploración la hizo En 1959 Félix Ruiz de Arcaute, pionero en España, quien realizó el primer plano junto a José Luis Puente. Aunque se siguen realizando visitas por grupos burgaleses, no será hasta 1975 cuando se emprendan las actividades de forma regular en torno la exploración de la cueva. El 27 de Marzo de este mismo año, comienzan de nuevo las labores de topografía por el Grupo Espeleológico Niphargus. El plano se concluye en 1976 con un desarrollo total de 3.800 metros.
La cueva ahora tiene 3.950 metros. Pero aún se encontrará una nueva galería en los pisos superiores y en 1983 se replantea de nuevo el mapa concluyendo en 1984. El desarrollo total de la cueva es de 4.086 metros.
Fuentemolinos es una surgencia activa de cuyas aguas el pueblo se abastece. Un río subterráneo la recorre durante 1.800 m.
Estas galerías fueron excavadas en conglomerados calcáreos depositados hace unos 35 millones de años caracterizados por la redondez de los cantos y en geología se los conoce con el nombre de pudinga. La cueva tiene un desarrollo esencialmente horizontal que viene determinado por la actuación erosiva de una corriente de agua en función de una importante diaclasa (grieta vertical), de sentido longitudinal. Sus dos bocas, una inferior adaptada para la salida de las aguas y otra superior, una gatera descendente, conducen a una modesta galería que a los 40 metros se convierte en un cañón que sigue un trazado meandriforme, sólo obstaculizado por depósitos de gravas y arenas, hasta sifonarse en un laminador. Un derrumbe permite acceder al piso superior o nivel fósil del meandro, al que la profusa Iitogénesis le conere una singular belleza.