Esta localidad se halla al norte de la provincia de Burgos, a unos 90 kilómetros de la capital, a caballo entre el extremo oriental de la comarca de Valdebezana y el sector más meridional de la Merindad de Valdeporres, entre las localidades de Leva y Cubillos del Rojo.
Para llegar a Cubillos de Rojo debemos tomar la carretera N-623 Burgos Santander y en Cilleruelo de Bezana, desviarnos dirección Soncillo, pasarlo y seguir hasta Cubillos del Rojo. Una vez allí, tomar la pista que conduce a Leva. Cien metros después de un cruce, se pueden aparcar los vehículos a la derecha. Tomamos, hacia el este, un camino. Pasamos un portillo metálico, el camino se empina un poco hasta que desaparece. Seguimos de frente tomando como referencia el único árbol que se ve en el páramo. Cincuenta metros antes, está la boca de la sima; ahora está rodeada por unas vallas de madera que destacan desde lejos.
También se puede partir desde leva (pasando por el bonito pueblo de Puentedey); en este sentido se aparcan los coches a la izquierda, al poco de entrar en el páramo. Advertencia: las pistas están señalizadas como prohibidas al tráfico rodado; si bien no tenemos noticia de multas en ese sentido. No subestimar la posibilidad de perderse por el páramo en caso de salida nocturna o con niebla.
Esta cavidad es, con mucho, la más interesante del complejo kárstico, por la amplitud de sus galerías, la abundancia y belleza de las formaciones litogénicas, por su desarrollo y el espectacular pozo de entrada.
La morfología de Covanegra responde a la de una galería única de dirección OSO–ENE con la aparición de sectores secundarios anexos a esta galería y numerosas coladas estalagmíticas tanto en las zonas laterales como en medio del recorrido, que obstaculizan nuestro paso y nos obligan a sortearlas subiendo y bajando sin parar, una especie de pista americana. Estas características, junto con la fácil (y recomendable) instalación de vías paralelas en el pozo de entrada, hacen de Covanegra una cavidad apta para impartir cursillos de iniciación a la espeleología.
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